Болонья, Париж и Оксфорд стали впоследствии знаменитыми университетами.

Мы видели, что в XII веке существовали школы, привлекавшие студентов не только из близлежащих местностей или из той страны, где располагалась школа, но и из-за границы. Кроме того, в школах часто преподавали люди разных национальностей. Такого рода центры образованности были известны в средние века как stadium generale. Некоторые из этих школ, организованных на более или менее интернациональной основе, приходили в упадок и прекращали свое существование. Другие стали университетами. Термин «университет» (universitas) поначалу означал совокупность профессоров и студентов, учащих и учащихся в определенном центре. Исходное употребление этого термина, следовательно, не соответствовало его современному смыслу. Мог быть «университет» преподавателей, или «университет» студентов, или же тех и других, объединенных в сообщество. С течением времени, однако, некоторые центры учености, имевшие факультеты теологии, права или медицины, стали университетами в другом смысле: они имели хартии, уставы и устоявшиеся формы управления, а их профессора имели право учить повсеместно. Например, профессора права в Болонье присягали в том, что не оставят университета ради более удобных или лучше оплачиваемых постов. Однако это местное ограничение не распространялось на общее право.

Если говорить о старейших средневековых университетах, то дарование грамоты папской, императорской или королевской властью не всегда означало, конечно, что здесь раньше не было учреждения, которое с полным на то правом можно было назвать университетом. И в таких случаях, безусловно, трудно установить точную дату основания университета. Парижский университет вырос из кафедральной школы собора Парижской Богоматери, и хотя датой его основания часто называют 1215 год, когда его уставы были утверждены папским легатом Робертом де Курконом, ясно, эти уставы существовали и прежде. Университет Оксфорда обрел своего канцлера, видимо, в 1214 году, университет Кембриджа — несколько позднее. Говорят, что университет Кембриджа образовался в результате исхода студентов из Оксфорда в 1209 году. Однако не исключено, что здесь и прежде существовала школа или школы. Процветающая медицинская школа в Монпелье стала университетом в начале XIII века, тогда как университет в Тулузе был учрежден папской властью в 1220 году. В Испании в 1220 году властью короля был основан университет в Саламанке.

В таких университетах, как Парижский и Оксфордский, сложилась система коллегий, контролируемых докторами или преподавателями. К югу от Альп, а именно в правовом университете в Болонье, мы видим другую ситуацию. В Болонье был ректор из студентов и осуществлялся студенческий контроль. Отчасти это объясняется, видимо, тем, что назначение и оплата преподавателей оказались в руках городских властей, тогда как большинство членов студенческого сообщества прибыло не из города и было заинтересовано в защите своих прав против муниципалитета.

В XIII веке Парижский университет, несомненно, занимал передовые позиции в области теологии и спекулятивной философии. Важным событием в жизни этого университета (да и других университетов) было устроение учебных заведений, создаваемых новыми монашескими орденами. Орден проповедников, широко известный как доминиканский (по имени его основателя св. Доминика), проявил вполне понятный интерес к изучению теологии. Но св. Франциск Ассизский с его приверженностью буквальному следованию Христу и апостолам по поту бедности даже не помышлял, чтобы его последователи владели учебными заведениями и библиотеками и преподавали в университетах. Однако, превращение первоначальной общины последователей, или собратьев, этого святого в организованное сообщество, членами которого были священники, естественно, сделала необходимой заботу об учебе. Кроме того, Святейший Престол быстро оценил потенциальные возможности новых пылких нищенствующих орденов. В частности, Григорий IX, который в бытность свою кардиналом заботился о развитии образованности среди францисканцев, делал все возможное, чтобы внедрить доминиканцев и францисканцев в жизнь Парижского университета и укрепить там их позиции. В 1227 году доминиканцы обосновались в Парижском университете, а в 1229 году получили здесь кафедру теологии. В том же году францисканцы, обосновавшиеся в Париже несколько позднее доминиканцев, также получили кафедру, а их первым профессором был англичанин Александр из Гельса. Оба ордена быстро учредили studia generale и в других университетах — таких, как Оксфордский. Вскоре их примеру последовали другие монашеские ордена.

Проникновение монашеских орденов в Парижский университет происходило не без серьезного противодействия со стороны секулярного духовенства. Термином «секулярное духовенство» обозначаются представители духовенства, не принадлежащие к монашескому ордену. Чуть позже середины века был основан коллеж Сорбонна (по имени Роберта де Сорбонна), целью которого было теологическое образование для секулярного духовенства. С точки зрения орденов это противодействие, несомненно, являлось выражением предрассудка и желания защитить свои узаконенные имущественные права. С точки же зрения их оппонентов, монахи претендовали на неоправданные льготы и привилегии. Противодействие монашеским орденам длилось довольно долго, переходя иногда в нападки на саму монашескую жизнь. (В этом контексте термин «монашеская (religious) жизнь» означает не религию, а принадлежность к монашескому ордену). Но доминиканцы и францисканцы пользовались поддержкой Святейшего Престола, и хотя противодействие, с которым они столкнулись, было сильным, оно все же было преодолено. Знаменитые философы XIII века в подавляющем большинстве были членами монашеских орденов.

Учебный курс был рассчитан на долгий срок. Однако в те дни в университет приходили гораздо более молодые студенты, чем сегодня. Так, в XIII веке в Париже студенты сначала 6 лет учились на факультете искусств. В этот период студент мог стать «бакалавром» и помогать на второстепенных ролях в обучении других. Но он не мог начать учительствовать, пока ему не исполнится 20 лет. Содержание учебного курса составляли «свободные искусства»; литература практически не изучалась, зато большое внимание уделялось грамматике. Логика представляла собой, конечно, главным образом логику Аристотеля, хотя изучалось также и «Введение» Порфирия.

Курс теологии преподавался сперва в течение 8 лет, однако, имел тенденцию удлиняться. После завершения курса на факультете искусств и нескольких лет преподавания студент посвящал 4 года изучению Библии и 2 — изучению «Сентенций» Петра Ломбардского. После этого он мог стать бакалавром и в течение двух лет читать лекции по Библии, а в течение одного года — по «Сентенциям». Степень магистра или доктора он получал еще через 4−5 лет.