Среди многих вопросов о природе, человеке и познании в Упанишадах доминирует проблема первопричины, первоначала бытия, с помощью которого объясняется происхождение всех явлений природы и человека. Однако по Упанишадам крайне трудно восстановить исторический ход формирования тех понятий, которые полагались в качестве такой первопричины всех явлений. Предположительно можно эти понятия расположить в такой последовательности. Пища (анна) как основа всякой жизни, сама жизнь (жизненное дыхание — прана); тот или иной конкретный вещественный элемент — бхута, чаще всего вода, или их совокупность — вода, воздух, земля, огонь (иногда добавляется пятый — эфир, или акаша); внутренняя природа вещей — свабхава; упоминаются учения, считавшие первопричиной бытия пространство (акаша) и время (кала); в нескольких местах говорится о бытии вообще (сат) и небытии (асат) как первопричине всего сущего; эпизодически упоминается понятие материи (пракрити, прадхана), хотя его содержание не раскрывается.

Господствующее место в Упанишадах занимают учения, полагавшие в качестве первопричины и первоосновы бытия духовное начало — Брахман, или атман, реже пуруша. Брахман и атман употребляются обычно синонимически, хотя Брахман чаще служит для выражения объективного аспекта конечной реальности (бог, вездесущий дух), атман субъективного ее аспекта (душа). Начиная с Упанишад, Брахман и атман становятся центральными понятиями всей индийской философии, особенно ее идеалистических учений (прежде всего веданты).

В истолковании природы Брахмана и атмана и их отношения к материальному миру различные тексты Упанишад дают далеко не однозначные решения. В одних Брахман и атман рассматриваются как бог-творец и правитель мира, а в других трактуются пантеистически, отождествляются либо с одним, либо поочередно со всеми материальными первопричинами мира (пищей, дыханием, вещественными первоэлементами и т. д.), либо же со всем миром в целом, что сближает такую трактовку с материалистическим воззрением. Однако в большинстве текстов Упанишад преобладает абсолютно идеалистическая интерпретация Брахмана-атмана: они рассматриваются как духовный абсолют, бестелесная первопричина мира и внутренняя сущность всех его проявлений и процессов. Центральная идеалистическая идея Упанишад состоит в провозглашении тождества этой духовной сущности в человеке и природе. Наиболее кратко это тождество субъекта и объекта выражено в знаманитом изречении Упанишад: «Тат твам аси» («Ты есть то», или «Ты — одно с тем»).

Серьезные расхождения наблюдаются в Упанишадах и при более детальном раскрытии природы Брахмана-атмана. В одних случаях он описывается как чистый дух, лишенный всех эмпирических качеств и определений (нети-нети, т. е. не то, не то), в других он наделяется рядом антропоморфных качеств, чаще всего бытием, сознанием, блаженством (сат-чит-ананда); в одних случаях он имманентен миру, в других — трансцендентен ему, в третьих говорится о его имманентности и трансцендентности одновременно. Во многих текстах утверждается тройственная, триадичная природа Брахман-атмана, символизируемая священным словом аум (ом), либо же понятиями сатиям (истина), джалан (все это) и др.

Уже из беглого рассмотрения концепции Брахмана-атмана видно, что Брахман-атман представляет собой сложную синкретическую категорию, в которой концентрируются такие понятия, как причина — следствие, сущность явление, форма — содержание, общее единичное, субъект — объект, трансцендентное — имманентное, субстанциальность бытия.

Рассмотрению собственно материального мира в Упанишадах уделяется сравнительно мало внимания, и в его трактовке наблюдается гораздо меньшее разнообразие концепций. Более или менее общим является признание изменчивости, непостоянства всех материальных процессов, их временного, преходящего, а потому неистинного характера; они объявляются лишь проявлением, модификацией духовного абсолюта и различаются лишь по имени и форме (намарупа). В ряде текстов говорится о периодически повторяющихся циклах возникновения, созидания реальной действительности и ее последующем уничтожении, растворении в Брахмане-атмане; символом этой цикличности бытия выступает обычно образ вечно вращающегося колеса (чакра). Мир в целом и все конкретные вещи в нем признаются состоящими из четырех или пяти вещественных первоэлементов. Принцип мировой закономерности выражается в концепции дхармы, которая в отличие от ведической концепции риты — универсального космического миропорядка — приобретает больше субъективную, нравственно-этическую окраску. В некоторых учениях проводится идея развития мира из первоначально недифференцированного бытия, проходящего через ряд последовательных стадий (жар, вода, земля, или газообразное, жидкое, твердое) вплоть до многообразия реальной действительности, включая психические и духовные феномены.